1- 第一天
故事开始于宇宙深处，镜头慢慢转向了一个金属星球——赛普特恩。画外音开始讲述赛普特恩的历史：
"几百万年以前，在一个名叫赛普特恩的星球上存在着智慧生命。但他们不是我们所熟悉的生命形态。在星球居住着有思维和感情的智慧机械体—变形金刚。变形金刚分为汽车人和霸天虎。残忍的霸天虎们唯一的目标就是彻底统治宇宙，他们计划要消灭热爱和平的汽车人。一场正与邪的战斗席卷了整个赛普特恩，丰富的资源几近匮乏。汽车人们在这性命攸关的时刻勇敢地选择为生存而战”
千斤顶和大黄蜂从一个地下出口爬了出来。他们发现了一些能量棒，并准备将他们送往基地（名为Iacon）。在路上，他们遭到了霸天虎红蜘蛛，惊天雷，闹翻天的阻击。他们尽力摆脱了敌人，回到基地。
此时此地，声波正在监视着汽车人基地Iacon，他放出激光鸟前去侦察。激光鸟窃听到了擎天柱，爵士，警车和开路先锋的对话，得知他们正准备实施一项能量搜寻计划。声波立即向霸天虎的领袖威震天报告。威震天决定跟踪汽车人，他委托震荡波在他离开时全权管理赛普特恩。
汽车人登上了他们的宇宙飞船方舟号(the Ark)出发了，霸天虎们也乘坐暴影号飞船紧随其后。途中，两颗小行星在方舟号前相撞，造成了大量的流星体，汽车人运用激光在流星碎片中剖开一条道路，霸天虎尾随不舍，暴影号的行踪被警车发现，汽车人想再次运用激光摆脱霸天虎，然而能量已经耗尽了。霸天虎把暴影号靠上来与方舟固定为一体，并攻进了汽车人的飞船。激战中飞船航向失去了控制，两艘船驶入了一地球的引力区，方舟带着所有汽车人和霸天虎急速进入大气层，他们坠落在一处火山脚下，变形金刚们开始漫长的沉睡。
四百万年过后，火山的一次爆发激活了方舟的主控电脑——显像一号，它放出一枚探测器调查这个星球的情况。探针发现了一架军用喷气机，并将影像传回飞船。显像一号修复了离它最近的一个变形金刚——闹翻天，并使他变形为一架喷气机。闹翻天把威震天的机体拖到显像一号前进行维修，然后两人把全体霸天虎都复原了，霸天虎们野心勃勃地决定洗劫这个星球的能源然后征服宇宙。离开方舟的时候，红蜘蛛向方舟开了一炮和依然沉睡的汽车人表示永别。方舟内，擎天柱的躯体受到震动，正好摔落在显像一号的修复光线下面。擎天柱也复活了！
霸天虎们破坏了一个电站，并用站里的钢材建造新的基地。同时，红蜘蛛想要推翻威震天的野心变得越来越明显。
镜头再次转向方舟，擎天柱已经修复了所有的汽车人，同时命令探长和飞过山出发探察这个星球并搜寻霸天虎。他们发现了霸天虎的踪迹，探长准备返回向擎天柱汇报，但是飞过山却忍不住向威震天开了一枪。他没击中目标，反而引起了声波的注意，他放出激光鸟追捕偷袭者，探长被打落山崖，掉入山谷，飞过山逃回了基地。他带来了救护车返回救助探长。
惊天雷和照相机奉命调查汽车人的行踪，他们把一辆普通的汽车误认为是敌人。声波派出了机器狗发动袭击，霸天虎第一次与人类遭遇了。
钻井平台上，斯派克普拉.威特威奇和他的儿子斯派克正在工作，霸天虎突然来袭。他们抢夺原油并将其制成能量块。汽车人赶到出事地点予以阻止，霸天虎们带着能量块逃走了，但威震天在撤退之前破坏了原油平台使之下沉，汽车人和地球人全部落入水中，燃烧的原油覆盖着整个海面。擎天柱用尽全力拯救了斯派克和他的父亲。
2- 第二天
泄漏的原油在海面上熊熊燃烧,钻井台即将沉入水中。为了救出被困的人类，开路先锋用他的重力屏障挡住了火势，千斤顶放出了冷冻泡沫熄灭大火，工人们全部获救了.斯派克普拉和他的儿子斯派克自愿帮助这些友好的异星来客熟悉地球的生活以表示感激之情。他俩跟着汽车人回到了方舟基地。夕阳照耀的山坡上，斯派克在日记上写着这些神奇的机器人的故事，他发现路边丢着一架小巧的卡带播放机（霸天虎的间谍声波），把它带回了基地随手放在一块仪表板上。
基地里，幻影、探长和开路先锋向斯派克展示着令人惊叹的变形技巧和个人专长，探长还带着他外出兜风。回到基地，斯派客正撞见声波和机器狗从显像一号中窃取资料。他赶忙按响了警铃。声波逃了出去，机器狗被汽车人当场捕获。
霸天虎基地，
声波向威震天报告说舍曼大坝能出产大量能源，威震天的邪恶计划决定了。
轰隆隆钻入了大坝的河底开始制造巨大的潮汐，造成大坝的发电机超负荷运转。爵士和斯派克从显像一号中探知这一异乎寻常的潮讯，立即通知了擎天柱。霸天虎们不顾大坝即将崩溃的警告，疯狂地收集能量块。汽车人及时赶到和霸天虎开战。探长潜入水中找到制造潮汐的轰隆隆，与之展开搏斗。大黄蜂和铁皮利用激光挖掘水渠引开洪水。威震天和擎天柱在大坝顶上遭遇了，他们用流星锤和激光斧大战起来。
河边，轰隆隆跳出水面推倒了斯派克逃离，斯派克的喊叫声分散了擎天柱/柯柏文的注意力，使他跌下大坝，随即被爵士救起。斯派可见探长久久不出水面也跳了进去，并帮把他从石堆中解脱出来。幻影和鲁莽建议汽车人离开地球避免与霸天虎的战斗，但是擎天柱拒绝了，他决定要阻止霸天虎在这里胡作非为。
同时，霸天虎仍在到处抢夺能量。红蜘蛛擅自滥用一些能量块惹怒了威震天，他警告部下他们需要更多的能量离开地球。开路先锋、斯派克和他父亲出发去监视霸天虎的行踪，并且偷听到他们计划是首先袭击巴尔麻晶矿然后再攻占一个火箭发射基地。他们在赶回基地的途中被一群霸天虎阻击，幸好被及时赶到的横炮和飞毛腿所救。
汽车人部队赶到时，霸天虎们已经占领了矿山并开始收集水晶矿石。千斤顶制造了一颗炸弹准备炸毁矿山。斯派科普拉因有矿山工作的经验，当即与大黄蜂一同潜入了矿洞。他们安置好了炸弹，即将离去之时却撞见惊天雷和闹翻天。在外的汽车人久不见他们回来开始担忧，擎天柱不顾众人劝说决定亲自去救援。他停在洞口放出了小滚珠。正在这时，炸弹起爆了！巨大的冲击波将擎天柱推下了山崖……
3- 第三天
在上一集里，擎天柱被爆炸的气浪推下了山坡。汽车人冲上前奋力将他扶起，使他的轮胎着地。与此同时，小滚珠从矿脉的爆炸中死里逃生，驶出了山洞。在大家的鼓励中，擎天柱努力地让自己恢复变形能力。汽车人齐心协力在废墟中挖掘，寻找着大黄蜂和斯派克普拉，幸运的是两人躲在一根梁柱下都毫发无损。
正当大家认为已经消灭了霸天虎/狂派，为了可以回塞伯坦/斯比顿故乡而欢呼雀跃的时候，霸天虎炸开了山顶，带着夺到的能量离去。铁皮不顾擎天柱的劝阻，明知己方的空中劣势，还试图阻击霸天虎，蓝霹雳紧跟其后，想阻止他冒险。闹翻天变成战斗机型跃至他俩身后射击，铁皮中弹坠入了小湖中，蓝霹雳将他拖了上来，与随后赶到的爵士等将其装入救护车一同驶回方舟基地。
方舟前，斯派克正写着日记。探长和幻影看管着笼中的机器狗。探长突然有了个好主意，他想制出一个火箭发射基地的全息图像来吸引霸天虎上钩，擎天柱同意了这个计划。探长假意在关机器狗的笼子前说起火箭基地然后让其逃脱。
威震天果然很满意机器狗的汇报，命令霸天虎准备出发。途中红蜘蛛妄图杀死威震天以取得领导权，结果反被他打倒。汽车人准备好了火箭基地全息像等待霸天虎的行动，没料到这个计划早被威震天识破。其霸天虎主力部队已前往真正的发射基地夺取火箭制造飞船。
霸天虎全部坐上了飞船并带上了满满一仓的能量块。擎天柱在汽车人中募集志愿者前去阻止威震天，所有的汽车人包括两个人类都志愿前往。
发射基地，双方发生一场混战。擎天柱打倒了威震天，然而机器狗从背后扑倒了他。霸天虎迅速撤退到火箭上，引燃了发射器。沮丧的汽车人站在地面上看着飞船无可奈何，擎天柱毫不犹豫的命令横炮将火箭推进器脱下来给他，想飞上去阻止飞船，没料到被击落了。正当大家想不出更好的办法时，他们发现幻影不见了。
飞船上，红蜘蛛又将枪口对准了威震天。此时幻影出现击中了飞船的控制中枢，红蜘蛛对幻影射击，反被威震天乘机射中。飞船失去了控制，向地球坠去。幻影及时跳出了舱门，打开了降落伞。霸天虎的飞船坠入了大海，同时汽车人欢庆着勇士的归来。
为了表示感谢，地球上的国家愿意帮助汽车人取得足够的能量回到故乡，汽车人开始修理方舟。在海底深处，霸天虎的飞船舱门打开，威震天出现了，他和他的霸天虎还活着……
4-太空桥的陷落
在赛伯坦上和震荡波一起工作的霸天虎发明了一座太空桥。这座太空桥是用于星际间运输能量块的装置。当斯派克和大黄蜂经过时，太空桥正在进行测试，他们失足掉进河床上，因而被威震天抓住，威震天想利用斯派克做能量运输这项危险工作的引导员。幸而大黄蜂逃脱，最后还带领汽车人回来救斯派克，并阻止了能量体的运输。
5-全体出击
斯派克的朋友切普是个残疾的电脑天才，他意外地被卷进了汽车人和霸天虎间的一场斗争里，因为他知道霸天虎想要的一种秘密能量的配方，而在家中遭到绑架。霸天虎企图从切普的脑中分离出这个配方，斯派克和汽车人救出了切普，并在切普的帮助之下打败了霸天虎。
6-分而治之
擎天柱在与霸天虎的一次撞击中损坏了一个内部零件，其他的汽车人在切普的帮助下把太空桥运到了赛伯坦，他们在千斤顶的工作室内找到了一个替换零件。为了避免在这个陌生星球上遭到攻击，他们及时地返回，修好了擎天柱并把太空桥炸掉。
7-天火
霸天虎在北极地区的地下冰层中发现了一块巨大而中空的水晶柱。他们在这块水晶柱中挖隧道，企图从地心汲取热能。但这一举动会使地球被完全冷却下来。在挖掘新隧道时，威震天发现了捷火------赛伯坦的科学家，他已经被埋葬于此数百万年了。捷火复活后极不情愿地加入到霸天虎的队伍中。当汽车人来到北极地带与霸天虎进行对抗时，捷火逐渐认清了他真正的身份所属，并帮助汽车人击败了霸天虎------尤其是他的“老朋友”红蜘蛛------但是为了重新埋没水晶柱和隧道，他只好引发雪崩，最后也被埋没在绵绵的冰雪中了。
8-紧急呼叫
在汽车人火山总部的切摩斯发现了一个前人所不知的房间，这里有许多恐龙骨化石，千斤顶和救护车建造了三个能变形成恐龙骨的变形金刚。同时，为了获得无限的电力资源，霸天虎占领了一个巨大的瀑布系统。当机器恐龙完成时，它们简单的头脑却发生了错误。这三个机器发起狂来。考虑到他们太危险了，擎天柱命令把它们关闭并永不开启，当汽车人赶去瀑布阻止霸天虎时，他们遭到了埋伏。千斤顶不顾擎天柱的命令，改进了恐龙机器，而这次的改进取得了实际性的成功，从而帮忙解救了汽车人赶走了霸天虎。
9-山顶之火
在秘鲁的安第斯山脉上，著名的“能量水晶”被改造成为一种具强大毁灭性的武器。然而，这块水晶实在太强大了，它不仅毁坏了武器的机件，还迫使霸天虎攻击当地的村庄以求新的机件。汽车人赶来阻止他们，捷火试图说服被包围的惊天雷脱离霸天虎并加入汽车人，却失手被擒，并被红蜘蛛所伤。在一名当地女孩的帮助之下，斯派克展开了营救，而捷火在惊天雷的帮助下也赶走了霸天虎并毁掉了能量水晶。
10-大战机器恐龙
切普用天文望远镜追踪到一块巨大的陨石正坠向地球。他和汽车人到陨石坠落的地方搜集碎片用以研究。后来，威震天研究那些守卫陨石的机器恐龙的程序，利用它们的弱点来改变它们对汽车人的忠心。另一方面，汽车人发现那些碎片是易爆的，当他们返回到陨石撞击地区的地方去处理陨石时，却发现陨石已被霸天虎偷走了。机器恐龙竟出奇地攻击擎天柱，并把它带到霸天虎那里，霸天虎此时正在从陨石汲取能量。千斤顶建造了两个新的机器恐龙，用它们打败了原来的几个，并解救了擎天柱。当汽车人领导人冒着生命危险去救其中一个机器恐龙时，所有的机器恐龙都深受感动并团结起来，与汽车人一起打败了霸天虎。
Megatron 2004-05-19 19:02
11-灭顶之灾（上）
邪恶的科学家阿科威尔博士和威震天及霸天虎合作，利用他的思想控制装置发明了一支人类奴隶兵。威震天计划利用现存的太空桥技术把塞伯坦送入地球的轨道。因而产生的吸力而造成了巨大的自然灾害——如地震，火山爆发等。而人类奴隶兵则趁机把能量搜集进能量块。然而汽车人
变形金刚无法像对待霸天虎那样对待人类奴隶兵。斯派克普拉是被霸天虎抓获的人类之一，因而他被套上了思想控制装置。他背叛了汽车人，甚至几乎毁了他们。他的儿子斯派克为他的行为感到痛苦可迷惑，在上集的高潮部分，塞伯坦逐渐靠近地球，而自然灾害也开始了。
12-灭顶之灾（中）
汽车人们全副武装地去阻止地球上的自然灾害，甚至连机器恐龙都来帮助保护陆地免受海啸的破坏。汽车人得知斯派克普拉被派到塞伯坦去阻止汽车人拯救地球。斯派克恳求擎天柱让他与几个汽车人去解救他父亲。他们偷偷潜入霸天虎在塞伯坦上的总部，发现了思想控制装置的设计。正在这时，他们被斯派克普拉发现了，他发起狂来想要按警钟通知霸天虎！
13-灭顶之灾（下）
斯派克和其他人带着设计回到了千斤顶的工作室，千斤顶发明了一个高频率的装置。这个装置可以使控制晶片的电路系统发生故障。他们返回去救斯派克普拉并赶回家，另一方面汽车人一直都无法阻止霸天虎搜集能量块并把它们安放在一艘巨大的宇宙船上。这回他们开始了最后一战，千斤顶及时赶到并解放了人类奴隶兵，为汽车人的斗争清除了道路。在斗争中，威震天开走了宇宙船，汽车人们团结一致在天空之外把它摧毁，剩下的震荡波把塞伯坦撞出了地球的轨道，并把它送进了太空，一切都恢复了正常。但过后他们却发现威震天在爆炸居然侥幸地逃脱了。
14-爆炸前夕
红蜘蛛与阿科伟勒博士一起逃到了深藏于山中的实验室里，疯狂的霸天虎在那发现了“能量之源”。这是一种具有高度挥发性的无限能源，威震天赶回来并重新集合了它的霸天虎，跟随红蜘蛛到了那里。这时，汽车人也尾随而来，红蜘蛛给这个“能量之源”装上了计时器，企图炸毁整个地球，红蜘蛛带着阿科伟勒博士一起来到了塞伯坦.他们计划在他的故乡收集由爆炸而产生的能量波.威震天和擎天柱也赶到，经过战斗后他们控制了“能量之源”，并从震荡波处得知红蜘蛛的计划，并切断了计时器。另一方面，红蜘蛛已经把阿科伟勒传送到一部零件机器上去了，因此他只好独自一人回到地球看看出了什么障碍。威震天和擎天柱合力将那威力强大的炸弹推进太空，并在那引爆了，爆炸的威力把红蜘蛛弹回到了地球上，威震天正在等着他呢。
15-机器昆虫
在巴厘岛的丛林里，有三个巨型机器昆虫，他们正在攻击着农场，并把粮食变成他们的油料，汽车人和霸天虎都在警惕着这个新物种，并派人到那边进行调查。汽车人惊奇地发现，这些机器昆虫不仅野蛮而且复制得很快；霸天虎则很快发现了机器昆虫的栖息地，原来这是霸天虎太空船的一部分，在汽车人和霸天虎降落到地球以前，它就被抛弃到地球上了。很明显的，一个相似的重组过程发生了，只不过它们用的不是车和飞机作模型而是用昆虫。威震天企图与机器昆虫联合，利用它们把汽车人阻挡在海湾外，而他自己则从一间炼油厂偷取能量。由于汽车人干预，它们失败了，但能量块却被机器昆虫偷走了。
16-双雄大战
建筑派是一组建筑车，他们可以变身成为机器人，这回，他们为了威震天所需的一些零部件而攻击一个机密的电力厂，这些零件能造成一台机器，这台机器可以把所有的霸天虎们都变成威震天的样子。后来威震天要与擎天柱来个一对一的决斗，并约定谁输了谁就要带领它的机器人永远地离开地球。同时，邪恶的霸天虎领袖命令建筑派挖进汽车人总部，致使电报员一号没通知到汽车人威震天的计划。擎天柱在决斗中输了，这时机器恐龙收到了主电脑的警告，于是与建筑派进行斗争，汽车人识破了威震天的骗局。后来建筑派组合成了一个巨大的机器人——大力神。探长发明了一个巨型的衍射器，去分散大力神的注意力，从而使得擎天柱能向它开火。最后霸天虎被迫逃到了一个火山裂缝里。
