片子一开场猛犸擎天柱(Big Convoy)就与Magmatron对峙,号称一人军团(One-Man's Army)的猛犸擎天柱一记猛犸加农(Big Cannon)击退了Magmatron。由于前作复仇星(Planet Nemesis)的爆炸令许多能量太空舱(Kapsel-德语,capsule)散落在宇宙各地。大委员会三个Great Convoy向猛犸擎天柱传达了魔力神球/矢量坐标/西格马向量(Vector Sigma)的旨意,命令猛犸擎天柱担任5名新兵的教官并且率领他们寻找失散的能量太空舱。Longrack变身为长颈鹿、Corahda变身为眼镜蛇、Break变身为企鹅、Stampy变身为兔子、Heinrad变身为狸猫。就这样,猛犸擎天柱带领着5名新兵,乘坐飞船Gung-ho踏上旅途。同时,Magmatron也得到了太空舱的消息。博派的首战到了白狮擎天柱(Lio Convoy)曾经战斗过的行星盖亚,与Magmatron所率领的精锐部队展开决斗。围绕着能量太空舱的争夺战展开了。之后是冰固星(Planet Solid)等星球的战斗。战斗中,猛犸擎天柱教导新兵们要“我为人人,人人为我(One For All,All For One)”。在火焰星(Planet Flame)上,猛犸擎天柱惨败于Magmatron,若不是变身为螃蟹的Rockbuster相助就玩儿完了。
正在战斗就这样一直下去之时,突然出现了第三方势力Blentron夺走了双方的能量太空舱。他们的目的是聚齐所有的能量太空舱,让大战(Great War)中战败的宇宙大帝(Unicron)复活。终于,凭借Blentron聚齐的所有能量太空舱的力量,宇宙大帝以惊破天(Galvatron)的身体复活。宇宙大帝轻而易举的把Magmatron和全宇宙最强的博派舰队打败。
为了完全复活,宇宙大帝来到了变形金刚的母星--塞博特恩星球(Seibertron),并将他的大角伸向了塞博特恩。为了阻止宇宙大帝的完全复活,猛犸擎天柱与众博派战士在星球上大战宇宙大帝。可是宇宙大帝成功征服了世上最高级的计算机·西格马向量,变形金刚们的神--Vector Sigma就这样便成了Vector Sigma Unicron。塞博特恩变成了宇宙大帝的肉体。塞博特恩星球长出了宇宙大帝象征性的两支巨角。大决战,狂派老大Magmatron回来了,大战惊破天,不,应该说是宇宙大帝。结果被宇宙大帝吸光了能量。但也多亏了Magmatron,宇宙大帝暂时与西格马向量分离出来。拼尽全力战斗到最后,博派战士们相继倒下,宇宙大帝的致命一击也击向了猛犸擎天柱。就在此时,一个熟悉的声音响起。“狮子台风(Lio Typhoon)!”,宇宙大帝的攻击被瓦解。传说中的司令官白狮擎天柱出现了。猛犸擎天柱将自己的领导模块装入了猛犸加农炮。白狮擎天柱大战宇宙大帝,并将利剑刺入宇宙大帝胸口。这时,猛犸擎天柱的领导模块大炮(Matrix Buster)射向了宇宙大帝。宇宙大帝终于被消灭了。
舞台又回到了能量星/原始地球上的猩猩他们。
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